За окрашивание шерсти, кожи и глаз у кошек отвечает пигмент – меланин. Он включается в кератин волоса. Не окрашенная шерсть всегда имеет белый цвет. Меланин создает комбинацию всевозможных окрасов, разделяется на два типа пигмента и синтезируется под воздействием двух основных генов:  черного пигмента (эумеланина) от воздействия гена Black “В” и красного (феомеланин) от гена Orange “O”. Существуют и другие гены, которые влияют на особенности распределения пигментов в шерсти и дают различные окрасы и их комбинации. Черный и красный окрасы считаются основными среди всех остальных. Черный пигмент, синтезируемый геном Black виден у кошек всегда, за исключением случаев, когда под действием аллеля “O” он превращается в желтый пигмент (феомеланин). У гена  “В” существует три аллеля. Доминантный аллель “В” синтезирует обычные частицы пигмента в форме круглых дисков, дающих ровный черный окрас. Под воздействием рецессивного аллеля “b”эти частицы приобретают вытянутую форму, а сам пигмент окисляется. Соответственно, за счет иного отражения света от таких дисков цвет шерсти становится не черным, а темно-коричневым, точнее шоколадным. Еще более рецессивный аллель “b” (black light) еще сильнее растягивает частицы и окисляет пигмент, благодаря чему получается еще более светлый коричневый цвет, называемый корица или циннамон. Таким образом, получаются следующие действия аллелей этого гена: “BB” – черный, “Bb”- черный, “bb” – шоколадный и “b’b’”- циннамон. Все черные кошки и кошки сплошных окрасов должны иметь шерсть интенсивного цвета, равномерно прокрашенную, без подпалин, дыма, серого подшерстка, белых волосков и белых пятен. Что касается шоколадного окраса, то он и его осветленный вариант (лиловый) должны быть как можно более теплого тона (холодные тона у этих окрасов не желательны). Для всех сплошных, без агути, окрасов (кроме красного) серьезным недостатком является остаточный табби – сохранение на шерсти “призрачного” рисунка, определяемого состоянием аллелей гена  Tabby. Он практически всегда встречается у котят (особенно короткошерстных), но у взрослых животных (старше 10 месяцев) его быть не должно.
У кошек на их Х-хромосоме присутствует отсутствующий на Y-хромосоме локус Orange – красного окраса. Аллель “О”, формирующий красный окрас, на самом деле, не доминантен и аллель “о”, формирующий не красный окрас – не рецессивен, просто проявляются они по разному. Таким образом кот получает от матери с Х-хромосомой или тот или другой аллель и соответственно становится красным или не красным. Кошка же имеет по одному экземпляру этого гена на обеих Х- хромосомах и соответственно может иметь генотип “оо”- тогда кошка имеет не красный окрас или “ОО” – тогда кошка имеет красный окрас, но она может иметь генотип “Оо”- в этом случае все не так просто. Дело в том, что в каждой клетке организма одна из Х-хромосом находится в активном, а другая в неактивном состоянии и происходит это случайным образом, без каких либо закономерностей. Поэтому в каждой клетке работает или  одна Х-хромосома, несущая аллель “О” (волос получающий пигмент из этой клетки становится красным). У кошки часть волос окрашивается в красный, а часть в не красный цвет. Как правило, это приводит к тому, что у кошки имеются более или менее обширные красные и некрасные пятна. Такой окрас называется черепаховым, в зависимости от того, какие аллели присутствуют в локусах “B”и “D”(Dilution – ген разбавления окраса) получается несколько вариантов окраса. Так генотипу
“BDOo” соответствует классическая черно-красная черепаховая кошка.
“bbDOo” – шоколадная черепаха.
“BddOo” – голубо – кремовый окрас.
При этом и черные и красные пятна осветляются, переходят в свои разбавленные вариации – черный цвет становится голубым, а красный кремовым. Не бывает такого, что  бы черный стал голубым, а красный остался красным – гомозиготная комбинация “dd” разбавляет оба пигмента. То же самое относится к лиловому окрасу “bbddOo”. Генотип “b’bDOo” соответствует окрасу черепаховый фавн. Окрасы, сочетающие черепаховый и агути, называются торби.